通勤手当の中に消費税は含まれているのでしょうか？

つまるところ、課税仕入れにしてよいのかどうかということです。

通勤者本人が通勤手当として受け取り、定期券などを購入する。

あるいは、会社が定期券などを購入して、通勤者に手渡す。

どちらも最終的には同じですが、領収書がどちらにのこるかと

いうところが違ってきます。領収書が会社に残ってなければ課税

仕入れにできない、と考えるのは早計です。

この場合、「通勤に通常必要」な部分の金額は課税仕入れとして

大丈夫です。マイカー通勤者も同様です。

　他に考えられる手当として、住宅手当や単身赴任手当などが挙

げられます。

これらは、必要な部分を会社の代わりに従業員が支払っている、

ものとは違い給与の上乗せであり、給与と同じく課税仕入れには

なりません。

　通勤手当はこれを給与手当勘定として処理をしても、消費税の

計算の際には抜き出して課税仕入れとしていただいて大丈夫です。